Если после добавления новостей (статей, товаров, фотографий и т.д.) вы видите, что они все отображаются в разделе - это не ошибка.
Это специальная функция системы конструктора, необходимая для поисковиков.

Пока к разделу сайта "не привязан" ни один материал (новость, статья, товар и т.д.) - в нем отображаются все материалы.

Соответственно, чтобы в разделе отображались только те материалы, которые к нему "привязаны" - нужно привязать к нему хотя бы один материал.

Сделать это (привязку) можно при редактировании материала, выбрав соответствующий раздел (рубрику).

Если требуется "привязать" материал сразу к нескольким разделам - используйте кнопку "Доп. разделы".
Таком образом, например, можно сделать новость-заглушку для всех новостных разделов и/или других материалов по аналогии.